| 序号 | 姓名 | 起止时间 | 备注 |
| 1 | 曾乐明 | 1998年1月14日–2001年1月 | |
| 2 | 沈强 | 2001年1月–2007年12月25日 | |
| 3 | 林乐丰 | 2007年12月25日–2009年9月20日 | |
| 4 | 沈强 | 2009年9月20日–2013年11月8日 | |
| 5 | 顾杭军 | 2013年11月8日–2014年11月(?) | |
| 6 | 童惠敏 | 2015年3月12日–2017年7月(?) | 2017年初工作已被副总黄凡农代替 |
| 7 | 焦凤波 | 2017年7月20日–2026年5月20日 | 2026年5月21日中国足协公布第三批行业处罚名单，焦凤波被禁止从事任何与足球相关的活动五年的处罚 |
